2019/11/28 - Blender插件将SMILE字符串转换成3D结构

blender_chemicals

blender_chemicals (https://nino.coding.net/p/blender_chemicals/d/blender_chemicals/git) 是一个基于blender-chemicals1的插件,可以用来将SMILE格式的分子转换成3D的结构。但是由于Blender最新版的python的api和以往相差较多,因此blender-chemicals已经无法使用,会产生很多的错误。因此,我将blender-chemicals进行修改,并转换成适应最新Blender的一个插件,其界面如下图所示。

Screenshot of addon

安装支持软件

这个Blender插件对于smile格式的转换是基于Openbabel的,因此需要安装openbabel,但是这个软件的安装,非常容易出错,因此,推荐严格按照如下的方法进行安装。

  • 安装Anaconda2
  • 使用conda命令安装openbabel
conda install -c openbabel openbabel

安装完成之后,在python环境中执行如下的命令,看看是否出错,出错代表没有安装成功

import pybel
import openbabel

安装blender_chemicals

  • 下载blender_chemicals,并压缩成一个zip文件。
  • 在Blender中将这个zip文件安装一个插件的方式进行安装[Edit]-[Preferences]-[Addon] as below.

Install Addon

  • N 键展示插件的设置和输入面板。

支持

可以使用 https://cactus.nci.nih.gov/cgi-bin/osra/index.cgi 来创建或者转换SMILE格式